Az L-ciszteint elsősorban az orvostudományban, kozmetikában, biokémiai kutatásokban használják; kenyéranyagokban használják a glutén képződésének elősegítésére és az erjedés, a penész elősegítésére és az öregedés megakadályozására. Természetes gyümölcslevekben használják, hogy megakadályozzák a C-vitamin oxidációját és megakadályozzák a gyümölcslé megbarnulását. A termék méregtelenítő hatású, akrilnitril-mérgezésre, aromás acidózisra alkalmazható.
Az acetil-cisztein, más néven N-acetil-cisztein vagy N-acetil-L-cisztein (NAC) olyan gyógyszer, amelyet túladagolás kezelésére és vastag nyálkahártya fellazítására használnak, például cisztás fibrózisban vagy krónikus obstruktív tüdőbetegségben.