Az O-ftalaldehid gyógyszerészeti köztitermékek, legújabb, helyileg biztonságos és hatékony fertőtlenítőszer kórházi endoszkópos műtéti sterilizálásként, egy új trombocita-aggregációs gyógyszer indol Bofen szintéziséhez, de a kémiai analitikai reagensek területén is. Az O-ftalaldehidet elsősorban az orvostudományban használják. Aminosav-származékképző reagens, a fluoreszcencia detektálása, a reakció egy perc alatt, de a termék nem stabil, azonnal észlelni kell.